De conformidad con el artículo 7 del Reglamento Interior de la Comisión Nacional del Agua, publicado el 30 d noviembre de 2006, el Director General de esta comisión tiene atribuciones para determinar la circunscripción territorial de los organismos de cuenca.
El país se ha dividido en 13 regiones hidrológico-administrativas, las cuales están formadas por agrupaciones de cuencas, consideradas las unidades básicas de gestión de los recursos hídricos, sus límites respetan los municipales, para facilitar la administración e integración de la información socioeconómica.